首先，它可以通过和解来处理。如果和解不成功，可以要求第三方机构介入调解。如果和解不能调解，可以收集证据，向法院起诉解决。只有这样，法院才能求作出公平公正的判决。

　　(1)和解。

　　和解是当事人在尊重双方利益的基础上，就争议事项达成协议，解决争议的一种方式。和解是当事人在自愿原则下自由选择解决台湾纠纷的一种方式，而不是解决合同纠纷的必要程序。双方也可以直接选择其他方式解决争议，而无需协商和解。

　　(2)调解。

　　调解是在第三人的主持下，通过说服教育等方式解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式。一是人民调解委员会调解当事人的合同纠纷，可以向争议当事人所在地或者争议发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要是指工商行政管理机关居中调解合同当事人纠纷。申请行政调解的争议，必须具备下列条件：申请人必须是与本案直接相关的当事人，具有明确的被申请人、具体的调解请求和事实依据；符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但是已向人民法院起诉或者已向仲裁机构申请裁决的。调解申请不求另一方不同意调解，调解申请不予受理。当事人接受调解达成协议的，应当作出调解协议，当事人应当按照调解协议履行各自的义务。由于调解协议没有法律强制力，如果一方不履行，另一方不能要求人民法院强制执行，但争议可以通过其他方式解决。

　　(3)仲裁。

　　仲裁是双方根据争议发生前后达成的仲裁协议，将争议提交仲裁机关裁决解决的方式。“准司法”仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。

　　(4)诉讼。

　　诉讼是指合同纠纷发生后，当事人没有仲裁协议的，任何一方都可以向人民法院提起民事诉讼，要求人民法院依法处理合同纠纷。这是解决合同纠纷最常见的方式。合同纠纷经人民法院审理作出判决后，当事人必须履行对人民法院作出的具有法律效力的判决的调解书。拒不履行的，另一方可以向人民法院申请强制执行。

　　建设工程合同纠纷发生后，可以通过四种方式解决，一般包括和解、调解、仲裁和诉讼；但是，如果可以在和解或调解的情况下解决，双方不需要通过法律程序。因此，他们必须知道如何保护自己的权益。如果合同纠纷得不到很好的解决，他们的利益就会受到损害。